Notes From The Workbench

可以控制mac不同app的音量和output 设备

TNIK inhibitors

Predict structure with boltz agent

Used kinase domain seq

sqLite更适合单人用，postgres适合多人编辑

语音转文字

这篇笔记整理 SVM 的核心概念： 1. SVM 想找什么分类边界 2. $x$、$w$、$b$ 分别是什么 3. 为什么 $w$ 垂直于分类平面 4. 为什么 margin 是 $\frac{2}{\|w\|}$ 5. hard margin SVM 的优化目标 6. Lagrange multiplier 和 dual form 7. support v

这篇笔记适合第一次系统学习 Lagrange multiplier / Lagrangian / KKT 条件 的人。

这篇笔记整理了 ID3 决策树、entropy、information gain、inductive bias、continuous attribute，以及 Gini impurity 的核心概念。目标是用直观例子理解：决策树到底是怎么决定每一步该用哪个 feature split 的。

这篇笔记整理的是这几个概念之间的关系： 1. 为什么 $a\cdot b = \|a\|\|b\|\cos \theta$ 2. 为什么 dot product 为 0 表示两个向量垂直 3. cosine similarity 为什么就是 $\cos \theta$ 4. Pearson correlation 为什么可以理解成 mean cen

MDA deployment process

IMSLP music sheet IMSLP Chopin https://imslp.org/wiki/Category:Chopin, Fr%C3%A9d%C3%A9ricimslp.org/wiki/Category:Chopin, Fr%C3%A9d%C3%A9ric 点进去等 20s，可以免费下载 structure tutorials Dr.

add ". dev " packages uv add optional dev seaborn 比如 uv add optional dev jupyterlab nbdev jupyter copilot when install, use pip install e ". dev " sync with dev uv sync extra dev 会

Settings theme settings Appearance 选择 theme, 也可以自己去添加 theme live rendering settings Editor Live rendering 选中 math rendering settings markdown syntax support 勾选 inline math Export 可

ssh登录 可以 ssh sky1ove@ls6.tacc.utexas.edu ，然后输入密码（google password上的），和duo push里的tacc token 6 digits ，但是每次都这样会很麻烦，这里有一个办法： Add this to your local Mac /.ssh/config : Host ls6 HostName

Overall workflow 1. uniprot kd得到protein seq 2. 在AF server上跑seq,下载，得到unpaired msa.a3m 3. 和 tacc 2step skill说这个file，copy rename 它到 input folder 4. 提供SMILES ，和a3m的path，准备input json fi

符号 \b word boundary, \bdef 表示def, ^ 有两个意思，如果在 里，一般表示exclude，比如 ^< 表示除了<的所有char。另一个意思，如果它在开头，比如^MET，它表示开头的位置。与之对应的就是 $表示结尾，比如^MET$ ？ optional, 有或没有，比如 ？，代表 或者没有 | 是或，a|b|c，就是这三个都可以

Clean code text remove redundant part to simplify and correct potential bugs if any in .md and scripts in the skill

llms txt links FastHTML doc https://www.fastht.ml/docs/index.html : llms.txt https://www.fastht.ml/docs/llms ctx.txt llms.txt reference: The /llms.txt file – llms txt https://llmst

安装 bash uv add dev jupytext 一次性转换 单独转换 bash jupytext to py:percent nbs/01 Preprocess dataset.ipynb 单独转换并指定输出路径 bash jupytext to py:percent nbs/01 Preprocess dataset.ipynb \ o scrip

There are 7 skills in boltz plugin: 1. boltz cli setup install, verify, authenticate 2. boltz check status list jobs, check progress, recover results 3. boltz structure and binding

Induced fit docking IFD, 什么时候用呢？当你知道一个 known ligand，但是这个 ligand 又 fit 不进你的蛋白里时。然后你可以从 IFD 中获得一些蛋白的新的 conformation。 figplot 1. Use presets : binding mode comparison 2. Quick select

notes resolution 2.8A 中低quality，一定要查看 reliability report，主要看missing loops and steric clashes，如果不在 CDR 上，可以勉强 pass 想要 protein engineering，需要 <=2 protein interaction analysis calcula

theta θ delta δ gamma γ vega IV slippage spreads gamma squeeze magnet effect 磁吸:某个价格水平对股价产生像磁铁一样的吸引力，导致价格在临近时不断被“拉回”或最终收在该位置附近。 max pain, MM最小化赔偿，买家最大化损失

先用RFdiffusion得到一个可以bind target protein的结构，但是RFdiffusion给出的序列并不是optimized。 接下来要优化序列，proteinMPNN 和evo2都可以做：结构 氨基酸序列 的预测。 之后用AF3看一些氨基酸预测出来的结构是否正确（和RFdiffusion bind target protein的结构一致

OMSCS CS7641 · Supervised Learning · Covertype 七分类笔记

Recall 每个真实class里的case里，有多少是真的。（和per class accuracy每个class的accuracy是一样的） Example 二分类里 recall 不等于 overall accuracy ，但可以理解成“某一个 class 内部的 accuracy”。 假设把 1 当 positive class ： | | 预测 1

Mindset 不断学习 学校学习的知识是有限的，要在工作中积极的学习新的内容，才能在同行中出彩。 不要逃避 熟能生巧，一回生二回熟，形成正向循环。做多了自然就会了。如果逃避，反而一直不行，然后陷入负循环。 圣母心 不要圣母心泛滥，试图拯救别人，包括父母亲人朋友。但凡触及到别人因果，十次里八次都被拖下水。 关于合作 兔子和狮子老虎合作，往往被吃干抹净。 不要

Reference ATP和 OH反应过程： 9.4: ATP, The Principal Phosphate Group Donor https://chem.libretexts.org/Bookshelves/Organic Chemistry/Book%3A Organic Chemistry with a Biological Emphasis

DianShi 点石 https://dianshi.opendatalab.org.cn/ from Sciverse https://sciverse.opendatalab.com/

General active vs. inactive Jean Cui, A novel, reversible, mutant selective macrocyclic EGFR inhibitor invulnerable to common resistance mutations Activating EGFR 突变 classical, aty

KD=kd/ka 等式右边的kd 是 dissociation rate, ka 是 association rate。 两个k都代表 rate 速率。 等式左边的 KD 越小，结合度就越高，1e 9 纳摩是最好的。 想要让 KD 小：dissociation 速度越小，就越稳定。association 速度越大，结合上去的速度就大，结合的就好。

共价抑制剂 在药物化学中，“warhead”（战斗部/弹头） 指的是药物分子中一个具有高度反应性的化学基团，它可以与蛋白质中的特定氨基酸（通常是有亲核性的，如Cysteine SH 或Serine OH ）形成共价键。 常见的covalent warhead: 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 举一个acrylamide和cystein C SH 的

various effects CDC complement dependent cytotoxicity。 C1q和IgG Fc结合，trigger membrane attack complex 顺序从左到右，janeways immunobiology 9th ADCP antibody dependent cellular phagocytosis

抗体 结构 添加图片注释，不超过 140 字（可选） scFv 就是把VH和VL连起来的fusion protein 各种各样的 添加图片注释，不超过 140 字（可选） diabody nanobody 也叫VHH, lama Ab, 只有heavy chain 设计时候的考量 Considerations for the Design of Antibo

NotStr=Safe 如果有html的string，需要放在Div里面，需要告知它不是str，而是html，比如 html content = df.to html 用NotStr general的） Div NotStr content 用 Safe可以（fasthtml specific） Div Safe content to xml 可以把fast

Buy 左侧栏Domains – Registration – Buy domain 搜索，purchase即可。 解析 在Domains – overview – 点击对应的域名。 进去之后，左侧栏DNS – Records add record, 输入相应的信息即可。

添加title 开始/home 样式 右下角选项 所有样式，确定 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 这样就有标题1，2，3了。 latex 选中字符串，然后alt+ ， 之后在最右侧回车即可 如果右侧回车没有让equation变成公式，是因为默认的是unicode，这个时候插入一个公式，然后选择latex，这样回车之后就可以识别latex并转换成公式

cdist vs. pdist c是 cross 的意思，每个都做，MxN 的 matrix；p 是 pair 的意思，只返回 unique 的 pair，1d distance。 import numpy as np from scipy.spatial.distance import pdist, cdist, squareform A = np.arr

llms.txt https://quarto.org/llms.txtquarto.org/llms.txt https://link.zhihu.com/?target=https%3A//quarto.org/llms.txt quarto links text https://quarto.org/docs/websites/ https://qua

关于SMILES结果没有double bond protein prepare之后会自动infer bond，但是如果infer的没有全对，需要手动修改。 但是修改完之后，再protein prepare了会改变ligand protein的一点position，和reference（true target）比会相差更多，所以不是很推荐再次prepare。

网页logo制作 描边字体 打开PS，新建一个2 3inch的透明板，输入字体。 然后在图层里字体的图层上，右键，混合选项，高级混合里，设置填充不透明度为0 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 然后选中左侧的描边，拉大描边像素 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 就可以获得中间为空有描边的字体了。 填充颜色 选中字体图层，然后魔法棒 W ，在字体

word文档 选中字符串，然后alt+ ， 之后在最右侧回车即可 jupyter code cell jupyter notebook里display latex， 可以用$来包含公式，$会新开启一行。 方法一：同一行的话用\ ..\ 就不管用，用单个$即可 方法二：也可以在code cell 里添加%%latex 就可以让\ ..\ work了 ref

安装gh 官方tutorial https://github.com/cli/cli/blob/trunk/docs/install linux.md debian type p wget /dev/null || sudo apt update && sudo apt install wget y \ && sudo mkdir p m 755 /etc/

查看程序时间的瓶颈咋哪里，好提升效率。 cprofile 配合snakeviz一起用 python m cProfile o run.prof myscript.py to generate profile data snakeviz run.prof to view profile results scalene https://github.com/pl

skills 在skills里安装一些常用的，比如slides, spreadsheet, pdf, jupyternotebook, playwright interactive等。 在prompt里用$skill来调用，比如 Query my database and create a$spreadsheet with my top 10 custom

TACC skill 1. uniprot kd得到protein seq 2. 在AF server上跑seq,下载，得到unpaired msa.a3m 3. 和tacc 2step skill说这个file，copy rename 它到 input folder 4. 提供SMILES ，和a3m的path，准备input json files 5.

Reference b站 https://www.bilibili.com/video/BV1pAjUzYEaK/?spm id from=333.337.search card.all.click&vd source=938c1d285952e2b4c3852a83df2851bb ； Youtube https://www.youtube.com/wat

Reference https://github.com/stanford cs336/assignment1 basics/tree/maingithub.com/stanford cs336/assignment1 basics/tree/main Setup 下载并安装环境 git clone https://github.com/stanford c

Reference https://github.com/stanford cs336/assignment1 basics/tree/maingithub.com/stanford cs336/assignment1 basics/tree/maingithub.com/stanford cs336/assignment1 basics/tree/main

buzzport https://buzzport.gatech.edu/ 是个 link center，可以去 pay，canvas，registration 之类的 添加图片注释，不超过 140 字（可选） OSCAR https://students.oscar.gatech.edu/ 是用来选课的地方 online excel https://doc

lec1 Bayesian statistics joint probability, P x,y 用逗号隔开，它和P y,x 是对称的。它代表了同时发生x和y的概率。 如果x和y是independent，则P x,y =P x P y P x,y 等于P xy| ✖️P y 或者P y|x ✖️P x P x|y 是conditional probabil

data is not normally distributed, non paired: Mann Whitney U test , or named Wilcoxon Rank Sum Test Ranks all observations from both groups together, calculates the sum of ranks fo

复习一下 Power rule 求根号x的导数 添加图片注释，不超过 140 字（可选） Power rule公式的来源 来自于微积分 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 二项式定理Binomial Theorem展开右边的上面 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 除以h： 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 由于h是一个很小的数，右边那一

methods in normalizing values, independent of each other probability x/x.sum Compress range log x Standardize x mean or median /std min max x min / max min divide by max x/max

Shannon entropy 公式 添加图片注释，不超过 140 字（可选） entropy用H来表示 最大entropy是所有p uniform相等 添加图片注释，不超过 140 字（可选） Cross entropy 公式 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 用于multi class，每个class的p加起来等于1 softmax 会让logi

IRS网站信息链接 报税日在每年4月15号，超过截止日期也可以报。 IRS 提供免费的tax report IRS Free File: Do your taxes for freewww.irs.gov/filing/irs free file do your taxes for free 年收入7万9以内可以用一些指定的tax software 添加图片

ident 缩进 or idented AFAICT as far as I can tell cut into reduce the amount/quantity That mental load cuts into our free time. AFAIK as far as I know IIUC if i understand correctly

Count Simulation reference https://greglandrum.github.io/rdkit blog/posts/2021 07 06 simulating counts.html 对每一个 feature（比如某个 Morgan 子结构），不只用 1 个 bit 表示“是否存在”，而是用多个 bit 表示“出现多少次”。对

DTPC在治疗前期就存在，在药物治疗后，最终会变成DRC DTPC vs DRC 添加图片注释，不超过 140 字（可选）

chemicals benzene是完整的六环带双键 Phenyl, phenyl group是带R的六环，简写ph pyridinyl ，pyridine是一个六环替换一个N Pyrimidine 是一个六环替换两个N，隔一个C Anilino, NH Ph, Aniline, NH2 Ph 单个的 anil来自阿拉伯语，是indigo靛蓝染料，anili

numpy 默认 row major c order ， PyTorch 默认也是。因为C / C++ 是 row major 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 那么 unravel index row = index // cols col = index % cols 假如 import numpy as np np.unravel index

aliasing of mutable objects 在一个 list 里，我们 append 一个 object list= i={1,2} list.append i 之后 query 它，还是 原先的 i list 0 但如果我们在 list 里更改它 list 0 |={5} 原先的 i 也会改变 i return {1,2,5} 解决办法是 li

自定义decorator 格式是: def decorator name func : def wrapper args, kwargs : func args, kwargs other func return results return wrapper 比如下面这个 from fasthtml.common import import numpy as

recursive DP Dynamic programming 动态规划就是把过程中的算出来的数存在dict list array hash map lru cache里。 这个存储方式也叫memoization，备忘录。 主要是用于 recursive function，比如斐波那契，0,1 然后第三个数是前两个数之和，第四个数是第三个和第四个之和，以此

loss F.cross entropy 自带 softmax+cross entropy import torch.nn.functional as F input=torch.tensor 0.0590, 0.6170, 0.3240 , 0.0590, 0.6170, 0.3240 target=torch.tensor 1,2 F.cross ent

Reference RoPE 原论文 https://arxiv.org/abs/2104.09864 一作苏剑林 原追一科技，现在在月之暗面做Kimi K2模型开发） 苏剑林的个人官网+博客 https://spaces.ac.cn/ RoPE b站讲解，from: 望舒同学 https://www.bilibili.com/video/BV12x4212

Basics cross entropy loss 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 针对每个 batch的 average loss 添加图片注释，不超过 140 字（可选） N = batch size（样本数），ℓi = 第 i 个样本的 loss 假如 batch 是 3 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 对样本平均 添加图片注释，不

ID mapping based on seq block.xlsx 1. level column: high level to low level 2. seq len: longer sequence to shorter sequence 3. print out unmatched sequence if any, get their info a

There are some discussions related with the therapeutic group today, so I'll just post here for clarity: 1. Continue to verify Ab binding as what the therpeutic group is doing 2. A

最近读到两篇和大语言模型推理能力有关的经典论文： 1. Chain of Thought Prompting Elicits Reasoning in Large Language Models Jason Wei et al., 2022 arXiv: https://arxiv.org/abs/2201.11903 2. Large Language M

关闭data sharing 左下角user,settings — Data Controls — Improve the model for everyone 关掉off

function import contextlib import joblib from tqdm import tqdm from joblib import Parallel, delayed Code from this nice Stack Overflow discussion: https://stackoverflow.com/questio

sudo apt update update package list, 不会update package，而只是更新list bash sudo apt update sudo apt install vs. sudo apt get install text sudo apt install package sudo apt get install pa

plotly Sankey 不太好用，好多跟0有关的奇怪bug，但目前也没有替代的，只能先凑合用了。 import import plotly.graph objects as go import plotly.io as pio 关于data df 如果放在一个df里，然后就是很简单的连接（同一行就连），那node的数量就是len df x column

inspect chrome里右键，选中inspect, 可以查看network，all，运行的时候可以具体看哪些request，比如get, post之类的，找到post的url requests import requests files = {'file': open 'report.xls', 'rb' } data = {"key": "value

安装 打开一个有gpu的环境，20 40GB RAM source安装 git clone https://github.com/bytedance/Protenix.git cd Protenix pip install . docker安装 从私人的hub上下在docker环境 downloads from a private docker hub ai

Reference GitHub bytedance/Protenix Dock: An accurate and trainable end to end protein ligand docking framework https://github.com/bytedance/Protenix Dock 安装 git clone https://gith

让text in svg 可以被选中 直接用plt.savefig x.svg 里面的图片中的text无法被选中。采取下面的方案。 import matplotlib as mpl make svg render text to be selectable mpl.rcParams 'svg.fonttype' = 'none' display svg in

rename 可以更改文件名 p = Path "data/old name.txt" new p = p.rename "data/new name.txt" 也可以更改folder名字 if base dir/old .exists : base dir/old .rename base dir/new import from pathlib impor

v 是 verbose python m pytest tests/test sth.py v 查看某个文件 cat 是print里面的内容在terminal里 text editor nano是text editor, 打开它，ctrl+O保存，ctrl+X退出 vim也是text editor, i进入编辑模式，esc退出编辑模式 visual only

P2A 全名：Porcine teschovirus 1 2A peptide P2A 序列： GSGATNFSLLKQAGDVEENPGP example construct ProteinA P2A ProteinB 不会变成 fusion protein,而是会变成单独的两个 protein

At MIT, Course 6 refers to the department of Electrical Engineering and Computer Science EECS Course 6 6.790 Machine Learning G https://gradml.mit.edu/gradml.mit.edu/ 6.8301 Comput

生成fasta文件 from Bio.Seq import Seq from Bio.SeqRecord import SeqRecord from Bio import SeqIO, AlignIO import pandas as pd def get fasta df,seq col='seq',id col='ID',path='out.fasta'

添加alias .bashrc是空的，直接添加即可 vim /.bashrc alias prep='nbdev clean && nbdev export' alias gr="git reset @{u}" source /.bashrc pin pin可以让shared notebook不显示该cell，但是在nbdev git push里还是会显示。

claude https://claude.ai/settings/connectors https://link.zhihu.com/?target=https%3A//claude.ai/settings/connectors Browse connectors install 即可 Codex 左下角 settings， MCP servers htt

添加 figure text 调整大小 text { width=70% } 给图片价格 tag，允许后面跳过来 text As shown in Fig. 1 fig result , the image is included below. { fig result width=75%} 如果是 qmd，tag 原文的标志是一样的。不过在文中添加link

宏观“必避日”——对 QQQ 冲击最大 FOMC（利率决议/发布会日） 2026 年 FOMC 会议日程（Fed 官方）： 1/27–1/28 3/17–3/18 4/28–4/29 6/16–6/17 7/28–7/29 9/15–9/16 10/27–10/28 12/8–12/9 带 SEP（点阵图/经济预测），通常波动更大。 对你这种卖末日单： 最危

小高姐烤鸡翅 Reference https://www.youtube.com/watch?v=oCsVPRiBWWswww.youtube.com/watch?v=oCsVPRiBWWs Steps 1. 腌鸡翅（最好overnight） 2. 预热烤箱到425F 3. 烤盘下先铺一层土豆片，然后鸡翅 4. 锡箔纸盖住，戳洞 5. 烤20分钟，去掉锡箔纸

cloudflare 购买域名 zoho 注册之后，在admin网站里点击左侧的domain，然后把每一个configuration根据auto的提示更改，如果更改失败，就手动更改。 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 如果手动更改，在cloudflare 里，点进去域名 左侧bar里找到DNS records 页面中找到add records，可以选

Import import xgboost as xgb Prepare Data dtrain = xgb.DMatrix X train, label = y train dtest = xgb.DMatrix X test, label = y test Params an example params = { 'max depth':7, from

把terminal的前缀改短 nano /.bashrc 然后找到这行 if "$color prompt" = yes ; then PS1='${debian chroot:+ debian chroot }\ \033 01;32m\ \u@\h\ \033 00m\ :\ \033 01;34m\ \w\ \033 00m\ \ ' else P

storage限制 core用户的话，storage限制是8G。 用du sh .可以查看当前的总storage。 用 du h max depth 1可以查看每个文件夹占的storage。 如果超了，很有可能是.cache文件过大。这个时候用 uv cache clean 如果还是大，可以在.gitignore里面添加大文件的folder，比如data/

Deploy railway deploy https://railway.app/dashboard railway dashboard your project pick a deployment deploy logs可以查看当前deploy进展 in command: 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 网页验证后，如果是第一次depoy，可以

python file to .exe Install pip install pyinstaller python 文件 这里举个例子： 建一个.py 文件，保存为extract model.py 这是一个用于unzip AF zip并且extract model 0.cif的一个程序。需要提前把所有的zip放到一个source文件夹里，然后再新建一个de

pd.Series series,copy=False copy=False可以如果input已经是series，那就不需要重新copy了 df.hist column, by, bins, figsize 除了series.hist，还有df.hist也很好用，by可以画多个图。 df.hist column='accuracy', by='categor

Reference: https://gist.github.com/raveenb/c0001484a79214c21785227d0688f57fgist.github.com/raveenb/c0001484a79214c21785227d0688f57f 用FastAPI在colab上举例： Setup !pip install fastapi uv

render jupyter notebook, ipynb, to html https://nbsanity.com/nbsanity.com/ 方法1： 加入书签，打开github repository 或者gist的notebook后，点击书签，即可自动生成网页。 方法2: 手动改url，如果是github repository, 把github.c

先申请academic license，之后安装ligplot+，一定安装在C盘，否则dipmlot和antibody plot可能会load不出来。 Edit program path里，添加Rasmol和pymol的位置（这两个软件需要提前安装，rasmol是免费的） 添加图片注释，不超过 140 字（可选） Save好之后，需要重新file open

jupyter copilot reference: https://github.com/baolong281/jupyter copilot uv pip install jupyter copilot 然后打开jupyter , uv run jupyter lab 然后shift + ctrl+c ， 输入copilot，然后点击sign in ，会

网页版 web2mdweb2md.answer.ai/ https://link.zhihu.com/?target=https%3A//web2md.answer.ai/ extension版 GitHub AnswerDotAI/web2md ext: Get a markdown version of any webpage with a keyboa

Reference 油管： https://www.youtube.com/watch?v=k5Rbi22TtOAwww.youtube.com/watch?v=k5Rbi22TtOA Github: https://github.com/steineggerlab/foldseekgithub.com/steineggerlab/foldseek 安装 可

Setup update cuda version check current version nvcc version if it is old, go to CUDA Toolkit 12.1 Downloads https://developer.nvidia.com/cuda downloads 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 这里我的系统

command docker ps 查看现在运行的docker docker exec it name 运行 docker stop name 停止运行 sudo chown R $USER:$USER . 有的时候docker会让一些folder失去permission，这个时候change owner chown ， R是recursive，后面跟着新的

把 http://github.com/user/repo https://link.zhihu.com/?target=http%3A//github.com/user/repo 前面的github替换成deepwiki，即可。如果这个repo之前没有被convert过，那需要输入你的邮箱，等2 10分钟即可。

Reference manual: https://zhanggroup.org/D I TASSER/download/README.txtzhanggroup.org/D I TASSER/download/README.txt http://link.zhihu.com/?target=https%3A//zhanggroup.org/D I TASS

更新 从官网下载 Cursor The AI Code Editor https://www.cursor.com/ 点击Download for Mac, 会自动下载一个下载器 更新器 ，如果电脑上已经装上cursor,先把它关掉，然后运行下载器，会更新你的cursor，运行完后再打开即可。Date显示最近的更新是1 wk ago 添加图片注释，不超过 1

Reference claudetteclaudette.answer.ai/ Setup install pip install Uq claudette fastcore setup api key 可以从下面的网址生成 import os os.environ 'ANTHROPIC API KEY' = "..." structured import

使用感想 平时jupyter ipynb用的多，感觉agent普遍不好用，claude code原版一般，然后+kimi k2看似省钱，但是也不便宜，而且速度慢，不太好用。不适合重度使用jupyter的人。 reference https://docs.anthropic.com/en/docs/claude code/overviewdocs.anthro

Spacing: margin, padding, gap m是margin，p是padding。 单用m或p是上下左右同时。 组合时，m或b可以和b: bottom，t：top，x：左右，y：上下，s：start左边，e：end右边，组合。 ms auto，可以把所用东西放到前面；me auto，把所有东西放到后面 后面的数可以加0 5,或auto。数字比

1. Deep learning enabled protein–protein interaction analysis for prediction of SARS CoV 2 infectivity and variant evolution nature medicine 预测PPI的模型: S protein variance & ACE2 var

t test & p value tanh h，herperbolic, hyperbola双曲线的意思。双曲线就是平面上到两个定点的距离差的绝对值是一个常数的点的轨迹。 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 添加图片注释，不超过 140 字（可选） FC + p value 可以把FC和pvalue 合在一起 添加图片注释，不超过 140 字（可选）

Resources: case: I 140 Examples https://andreychemist.github.io/ case: GitHub razvanmarinescu/EB1A: EB1A Full Application I 140 and I 485 https://github.com/razvanmarinescu/EB1A/tr

Cell Reference: https://www.cell.com/figure guidelines Cell initial submission里没有太多格式要求，但注意supplementary figure的数量小于等于主要figure的数量，且主要figure的数量不能超过7个，另外supplementary items不能是figure数

用于形容更细节的关于这个原子的状态，比如 C;H3+ represent a carbon atom with three explicit hydrogens and a positive charge, 还有 N;H1;+1 describes a nitrogen atom that must have exactly one hydrogen and

Advent of Code 2024 2024 Day15 part1 only https://nbsanity.com/static/cab4cbccbe4bf44fe71f37b5bc615dba/2024 Day 15 2.htmlnbsanity.com/static/cab4cbccbe4bf44fe71f37b5bc615dba/2024 D

sentencepiece 报错 与python 3.13不兼容 https://github.com/google/sentencepiece/issues/1083 遇到过几次这个问题，每次安装transformer都会提示sentencepiece没有安装，然后pip install sentencepiece安装报错，最后发现是与新版的python

Edges shape = 2, number edges g = 0,1,2 , 2,3,4 g 0 = 0,1,2 source nodes g 1 = 2,3,4 destination nodes Nodes & features shape = number of nodes, feature dimensions x = torch.randn