Lily’s Notebook

AUTHORLily

PUBLISHED2026-07-01

IMSLP music sheet

IMSLP Chopin

点进去等 20s，可以免费下载

structure tutorials

Dr. H Ismail

https://www.youtube.com/@Coach.ismail/videoswww.youtube.com/@Coach.ismail/videos

Leetcode-machine learning

github

website

category 可以有 reinforcement learning

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Stock

alpaca

alpaca-py

alpaca tutorial

databento

live data documentation

Github to text

git-ingest

include->*.py

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repo2txt

github:

Web app:

Plot

desmos graph plot

Exploratory

可以快速导入数据画图

Flourish

可以画interactive的各种图，鼠标划过可以显示label，也可以画interactive table

iTOL

环状的hierarchical tree

BioRender

Protein models

ESM C

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6B的效率最高。

Tutorials:

ESM3

目前最大的蛋白质模型，每天送你100个token，可以生成蛋白，

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左侧的sidebar的连接是colab的网页，可以follow it

Alphafold3 server

蛋白折叠，每天可以跑20次

输入蛋白，可以多个蛋白，可以添加修饰。

Expression

CCLE proteomics

from Cell 2020 Quantitative Proteomics of the Cancer Cell Line Encyclopedia

scroll down --> Normalized and Other Data --> 3. Protein Quantitation (TSV Format)

Gepia2

可以分析基因在不同TCGA肿瘤的表达，survival，normal vs. tumor等

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Pathway analysis

DAVID

Get up-regulated genes and down-regulated genes with p-value<0.05; do analysis separately. Go to DAVID bioinformatics website, go to Upload --> Step 1: paste gene symbols --> Step2: Official Gene Symbol, select species, if mouse: mus, if human: homo, --> Step3: select Gene List --> Step4: submit. Click start analysis, go to GO-BP, click chart, download gene list, pick out important and unique pathways

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Reactome

官方教程：

RNA-seq分析教程：

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如果只有对比后的ratio数据（一列ratio而不是每个sample一列原始数据），那可以用analysis gene list。可以把quantile 0.85-0.9的数据的gene name提出来，输入进去。

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PS：Gene-->uniprot ID转换。 UniProt: 在txt框里输入gene name，然后From database --> uniprot --> gene name， to database选择Swiss prot（这个是review过的），然后Restrict by taxonomy选择homo sapians，最后download uniprot ID就好了。

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Webgestalt

除了基本的pathway analysis，还可以跑磷酸序列，Functional Database: network --> PTMsigDB, 然后下面的ID type选择phosphosite sequence即可

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Hugo Gene Nomenclature Group

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所有的基因都被分为了不同的group，可以根据group查询，如果需要下载，Tools-->BioMart-->Family，则可以得到所有基因对应的family。

Phosphorylation

LinkedOmicsKB

CPTAC数据库，有CNV，RNA和蛋白的数据。输入基因后，可以看到哪些pathway、phenotype enrich。

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Trans-association

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对Trans-protein的pathway analysis，点击蓝色的GSEA

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就会在这个网上运行WebGestalt (WEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit)：

它也可以跑reactome，只要选择pathway-->reactome就可以了，它的好处是可以给有一列是数值，而不是完全的gene list

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LinkedOmics

更raw一些，里面有TCGA和CPTAC的数据

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Single Cell

cellxgene

GitHub - chanzuckerberg/cellxgene: An interactive explorer for single-cell transcriptomics data

python package, h5ad file only

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Cellenics 改名为 Trailmaker

可以在线分析单细胞数据

Pan-cancer T

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Pan-cancer myeloid

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Pan-cancer NK

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Bioturing Talk2Data

一年几千刀，可以查看全部的单细胞数据

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Drug

1. Download pat pdf --> locate compound page and table page, split to two pdf
2. Prepare compound ID-smiles file: Get compound page in pat scan via structure image --> download file after finish
3. Prepare measurement data file: Screenshot table in pdf and ask gemini to extract--> download spreadsheet
4. Prepare binding data file: new experiment --> select target --> upload file that contain a column with 'SMILES', run without filter --> download file after finish
5. Analyze: Put the three kinds of files in a 'raw' folder, prompt: use $ to analyze data under 'raw' folder