关于SMILES结果没有double bond
protein prepare之后会自动infer bond，但是如果infer的没有全对，需要手动修改。
但是修改完之后，再protein prepare了会改变ligand-protein的一点position，和reference（true target）比会相差更多，所以不是很推荐再次prepare。
bug
最近更新了之后.cif文件似乎有损坏，解决办法是在chimeraX里打开，然后左上角file -->save--> cif格式，即可。然后再导入到下游文件。- 更新：bug已修好了
Link
https://protenix-server.com/add-prediction
PTM +CCD
如果直接在某个protein input上添加PTM，然后输入位置，然后在CCD里填别的amino acid，输出会直接mutate这个position
Covalent
先输入SMILES 和蛋白序列，不用加covalent，页面别换，新开一个页面，查看result结果。
下载结果，load进maestro，然后找到covalent bond atom，这里是C21
（我发现protenix的一个bug是，如果单跑SMILES，atom number和complex里ligand的atom number对不上，比如单跑是C29，但是complex跑是C21，但是必须以complex的ligand atom为准）
在一开始的页面，加上covalent，然后输入protein 和receptor的atom。注意ligand entity2 position2总是1，因为ligand算一个整体。
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Entry
可以从pdb id直接load，勾选use msa
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如果是covalent bond的complex，删掉ligand，加一个新的entry。直接用CCD的化无法形成共价键。
删掉
找到ligand atom number
方法1：
先用server生成一个没有covalent bond的structure ，然后把structure load进maestro，找到atom id。
比如C28, 然后输入进server info里。这个方法最准，直接用SMILES或者any作为输入都可以。
方法2 （适用于AF）：
在maestro里load进这个ligand的pdb，然后split出来一个sdf文件，找到sdf里面对应的atom id，因为会重新index
比如下面这个，pdb里是CBT, sdf后，变成了C28
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添加sdf文件
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那么就需要把bond atom pairs修改成C28
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我试过ligand pdb，然后用一开始的atom id，但是会报错。大概率是因为被rdkit读取之后，atom id会被重新排列。
除了ccd code，如果用SMILES和sdf文件，af3 和protenix都会去除掉双键，然后加上H
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原来的SMILES长这样
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所以需要后面protein preperation
下载结果
预测完后，最右边的detail view可以直接查看结构，然后output download可以下载
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打开sample_0.cif即可。
结果分析
protein preperation
protein prepare pipeline，会自动把ring里的双键和外面的C=O双键加上。
modify ligand
protein prepare完后，有时候可能会在ligand上多加一些键。比如新形成的共价键附近，ligand可能还会保留之前的双键，需要去除。选中双键，然后点击build。
上面会有选项，减一个bond即可。如果加多了H，选中那个减charge。
superimpose
superimpose 几次的预测和reference structure, 用C-a backbone
ligand interaction diagram
一定要superimpose之后再画，这样可以和reference保持一直。
MM-GBSA
在prepared protein里，选中ligand，copy to new entry
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手动添加H，因为是covalent bond，直接移出来会少一个键，选中缺少H的atom，这里是C，然后点一下右边的+H,就会多一个键出来。
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workspace entry选择protein，highlight选中ligand
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MM-GBSA, 选择第二个 take complexes from separated ligand，run即可。
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跑完后，在右上角project table查看value
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把table拉到最右侧，然后查看最右侧那一栏，就是MMGBSA dG Bind, 值越低binding越好
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