[tools] Boltz API Agent

There are 7 skills in boltz plugin:

1. boltz-cli-setup - install, verify, authenticate
2. boltz-check-status - list jobs, check progress, recover results
3. boltz-structure-and-binding - run one defined protein/ligand or complex prediction
4. boltz-small-molecule-screen - rank existing ligand libraries
5. boltz-small-molecule-design - generate new small-molecule binders
6. boltz-protein-screen - rank existing protein/peptide/antibody binders
7. boltz-protein-design - generate new protein/peptide/antibody binders

1. setup

会弹出一个网页用来登录，确认即可

2. check status

会查看当前有哪些job在跑，哪些已经跑完了

3. structure & binding

single run， 提供蛋白seq和ligand SMILES。

set number of sample : 3 或者5 都很好， 但1 不太行。

不能加seed。

会提供一个价格，确认之后submit，跑完之后会自动下载，需要等一会儿。

4. small-molecule-screen

这个可以用来做screen，但是structure的结构比起3来差的太远，适合快速的大规模的跑一跑。

TODO：比较3和4在几百个data的那种dataset跑，看看difference如何。

跑完之后，需要rename folder names 用一个 external ID 。还需要把cif里的structure id给从model改成external ID，这样maestro读取就可以区分开来了（不然都是model）。

external ID在 results/index.jsonl，可以把这个文件转成一个table，里面有affinity的信息。

5. small-molecule-design

提供protein seq和一个reference ligand的SMILES就可以，比如HER2 KD和zongertinib。

然后告诉跑多少个。最后出来的话，会有分数，然后可以看每个structure。

6,7. TODO

binding screening

提供many Antibody seq （提供heavy/light chain seq)，然后提供target（最好包括它的epitope），然后做binding screening。

protein design

可以设计Ab, nanobody之类的，提供target，epitope，指定设计多少个，