Notes From The Workbench

Used kinase domain seq

先用RFdiffusion得到一个可以bind target protein的结构，但是RFdiffusion给出的序列并不是optimized。 接下来要优化序列，proteinMPNN 和evo2都可以做：结构 氨基酸序列 的预测。 之后用AF3看一些氨基酸预测出来的结构是否正确（和RFdiffusion bind target protein的结构一致

Reference ATP和 OH反应过程： 9.4: ATP, The Principal Phosphate Group Donor https://chem.libretexts.org/Bookshelves/Organic Chemistry/Book%3A Organic Chemistry with a Biological Emphasis

P2A 全名：Porcine teschovirus 1 2A peptide P2A 序列： GSGATNFSLLKQAGDVEENPGP example construct ProteinA P2A ProteinB 不会变成 fusion protein,而是会变成单独的两个 protein