[tools] Protenix-dock

Reference

GitHub - bytedance/Protenix-Dock: An accurate and trainable end-to-end protein-ligand docking framework

安装

git clone https://github.com/bytedance/Protenix-Dock.git
cd Protenix-Dock

sudo apt-get update && sudo apt-get install -y libxrender1 libxext6

conda 环境（很重要，否则后面会有bug）

conda env create -f environment.yml

如果已经在一个虚拟环境，create替换成update

conda env update -f environment.yml

查看CPU是否有avx2

grep -m1 -o avx2 /proc/cpuinfo

如果print出来avx2，那么添加下面的

export PXDOCK_ENABLE_AVX2=1

然后 安装

python3 setup.py install

报错

如果遇到报错，https://github.com/bytedance/Protenix-Dock/issues/10

ImportError: libboost_python311.so.1.82.0: cannot open shared object file: No such file or directory

还需要设置library路径：

export LD_LIBRARY_PATH=${CONDA_PREFIX}/lib:$LD_LIBRARY_PATH

如果上面的不work，那么就需要改 /.zshrc 或者/.bashrc

nano ~/.zshrc  # 如果nano没有安装,sudo apt install nano

把下面的复制到文件里

export LD_LIBRARY_PATH="${CONDA_PREFIX}/lib:$LD_LIBRARY_PATH"

或者

echo "export LD_LIBRARY_PATH=${CONDA_PREFIX}/lib:$LD_LIBRARY_PATH" >> ~/.zshrc

ctrl+O保存，ctrl+x退出，之后source重启

source ~/.zshrc

然后查看是否成功

echo $LD_LIBRARY_PATH

在secrete里添加

LD_LIBRARY_PATH

/home/zeus/miniconda3/envs/cloudspace/lib:/opt/jupyter/envs/main/lib

第二个value是启动jupyter时候用的，是改完~/.zshrc后，重启，再echo $LD_LIBRARY_PATH得到的

第二个value是在jupyter里用的，是通过“${CONDA_PREFIX}/lib”获得的

通过

import os
os.environ['LD_LIBRARY_PATH']

可以查看python里有没有

测试

test文件夹里有三个py文件

cd test
python3 test_data_prepare.py

python3 test_protenix_dock.py

python3 test_rmsd.py

里面是unittest，全通过的话会出现ok，否则会有failed