Notes From The Workbench

可以控制mac不同app的音量和output 设备

sqLite更适合单人用，postgres适合多人编辑

语音转文字

IMSLP music sheet IMSLP Chopin https://imslp.org/wiki/Category:Chopin, Fr%C3%A9d%C3%A9ricimslp.org/wiki/Category:Chopin, Fr%C3%A9d%C3%A9ric 点进去等 20s，可以免费下载 structure tutorials Dr.

add ". dev " packages uv add optional dev seaborn 比如 uv add optional dev jupyterlab nbdev jupyter copilot when install, use pip install e ". dev " sync with dev uv sync extra dev 会

Settings theme settings Appearance 选择 theme, 也可以自己去添加 theme live rendering settings Editor Live rendering 选中 math rendering settings markdown syntax support 勾选 inline math Export 可

ssh登录 可以 ssh sky1ove@ls6.tacc.utexas.edu ，然后输入密码（google password上的），和duo push里的tacc token 6 digits ，但是每次都这样会很麻烦，这里有一个办法： Add this to your local Mac /.ssh/config : Host ls6 HostName

Overall workflow 1. uniprot kd得到protein seq 2. 在AF server上跑seq,下载，得到unpaired msa.a3m 3. 和 tacc 2step skill说这个file，copy rename 它到 input folder 4. 提供SMILES ，和a3m的path，准备input json fi

符号 \b word boundary, \bdef 表示def, ^ 有两个意思，如果在 里，一般表示exclude，比如 ^< 表示除了<的所有char。另一个意思，如果它在开头，比如^MET，它表示开头的位置。与之对应的就是 $表示结尾，比如^MET$ ？ optional, 有或没有，比如 ？，代表 或者没有 | 是或，a|b|c，就是这三个都可以

llms txt links FastHTML doc https://www.fastht.ml/docs/index.html : llms.txt https://www.fastht.ml/docs/llms ctx.txt llms.txt reference: The /llms.txt file – llms txt https://llmst

安装 bash uv add dev jupytext 一次性转换 单独转换 bash jupytext to py:percent nbs/01 Preprocess dataset.ipynb 单独转换并指定输出路径 bash jupytext to py:percent nbs/01 Preprocess dataset.ipynb \ o scrip

There are 7 skills in boltz plugin: 1. boltz cli setup install, verify, authenticate 2. boltz check status list jobs, check progress, recover results 3. boltz structure and binding

添加title 开始/home 样式 右下角选项 所有样式，确定 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 这样就有标题1，2，3了。 latex 选中字符串，然后alt+ ， 之后在最右侧回车即可 如果右侧回车没有让equation变成公式，是因为默认的是unicode，这个时候插入一个公式，然后选择latex，这样回车之后就可以识别latex并转换成公式

cdist vs. pdist c是 cross 的意思，每个都做，MxN 的 matrix；p 是 pair 的意思，只返回 unique 的 pair，1d distance。 import numpy as np from scipy.spatial.distance import pdist, cdist, squareform A = np.arr

llms.txt https://quarto.org/llms.txtquarto.org/llms.txt https://link.zhihu.com/?target=https%3A//quarto.org/llms.txt quarto links text https://quarto.org/docs/websites/ https://qua

关于SMILES结果没有double bond protein prepare之后会自动infer bond，但是如果infer的没有全对，需要手动修改。 但是修改完之后，再protein prepare了会改变ligand protein的一点position，和reference（true target）比会相差更多，所以不是很推荐再次prepare。

网页logo制作 描边字体 打开PS，新建一个2 3inch的透明板，输入字体。 然后在图层里字体的图层上，右键，混合选项，高级混合里，设置填充不透明度为0 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 然后选中左侧的描边，拉大描边像素 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 就可以获得中间为空有描边的字体了。 填充颜色 选中字体图层，然后魔法棒 W ，在字体

word文档 选中字符串，然后alt+ ， 之后在最右侧回车即可 jupyter code cell jupyter notebook里display latex， 可以用$来包含公式，$会新开启一行。 方法一：同一行的话用\ ..\ 就不管用，用单个$即可 方法二：也可以在code cell 里添加%%latex 就可以让\ ..\ work了 ref

安装gh 官方tutorial https://github.com/cli/cli/blob/trunk/docs/install linux.md debian type p wget /dev/null || sudo apt update && sudo apt install wget y \ && sudo mkdir p m 755 /etc/

查看程序时间的瓶颈咋哪里，好提升效率。 cprofile 配合snakeviz一起用 python m cProfile o run.prof myscript.py to generate profile data snakeviz run.prof to view profile results scalene https://github.com/pl

skills 在skills里安装一些常用的，比如slides, spreadsheet, pdf, jupyternotebook, playwright interactive等。 在prompt里用$skill来调用，比如 Query my database and create a$spreadsheet with my top 10 custom

TACC skill 1. uniprot kd得到protein seq 2. 在AF server上跑seq,下载，得到unpaired msa.a3m 3. 和tacc 2step skill说这个file，copy rename 它到 input folder 4. 提供SMILES ，和a3m的path，准备input json files 5.

loss F.cross entropy 自带 softmax+cross entropy import torch.nn.functional as F input=torch.tensor 0.0590, 0.6170, 0.3240 , 0.0590, 0.6170, 0.3240 target=torch.tensor 1,2 F.cross ent

关闭data sharing 左下角user,settings — Data Controls — Improve the model for everyone 关掉off

function import contextlib import joblib from tqdm import tqdm from joblib import Parallel, delayed Code from this nice Stack Overflow discussion: https://stackoverflow.com/questio

sudo apt update update package list, 不会update package，而只是更新list bash sudo apt update sudo apt install vs. sudo apt get install text sudo apt install package sudo apt get install pa

plotly Sankey 不太好用，好多跟0有关的奇怪bug，但目前也没有替代的，只能先凑合用了。 import import plotly.graph objects as go import plotly.io as pio 关于data df 如果放在一个df里，然后就是很简单的连接（同一行就连），那node的数量就是len df x column

inspect chrome里右键，选中inspect, 可以查看network，all，运行的时候可以具体看哪些request，比如get, post之类的，找到post的url requests import requests files = {'file': open 'report.xls', 'rb' } data = {"key": "value

安装 打开一个有gpu的环境，20 40GB RAM source安装 git clone https://github.com/bytedance/Protenix.git cd Protenix pip install . docker安装 从私人的hub上下在docker环境 downloads from a private docker hub ai

Reference GitHub bytedance/Protenix Dock: An accurate and trainable end to end protein ligand docking framework https://github.com/bytedance/Protenix Dock 安装 git clone https://gith

让text in svg 可以被选中 直接用plt.savefig x.svg 里面的图片中的text无法被选中。采取下面的方案。 import matplotlib as mpl make svg render text to be selectable mpl.rcParams 'svg.fonttype' = 'none' display svg in

rename 可以更改文件名 p = Path "data/old name.txt" new p = p.rename "data/new name.txt" 也可以更改folder名字 if base dir/old .exists : base dir/old .rename base dir/new import from pathlib impor

v 是 verbose python m pytest tests/test sth.py v 查看某个文件 cat 是print里面的内容在terminal里 text editor nano是text editor, 打开它，ctrl+O保存，ctrl+X退出 vim也是text editor, i进入编辑模式，esc退出编辑模式 visual only

添加alias .bashrc是空的，直接添加即可 vim /.bashrc alias prep='nbdev clean && nbdev export' alias gr="git reset @{u}" source /.bashrc pin pin可以让shared notebook不显示该cell，但是在nbdev git push里还是会显示。

claude https://claude.ai/settings/connectors https://link.zhihu.com/?target=https%3A//claude.ai/settings/connectors Browse connectors install 即可 Codex 左下角 settings， MCP servers htt

添加 figure text 调整大小 text { width=70% } 给图片价格 tag，允许后面跳过来 text As shown in Fig. 1 fig result , the image is included below. { fig result width=75%} 如果是 qmd，tag 原文的标志是一样的。不过在文中添加link

cloudflare 购买域名 zoho 注册之后，在admin网站里点击左侧的domain，然后把每一个configuration根据auto的提示更改，如果更改失败，就手动更改。 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 如果手动更改，在cloudflare 里，点进去域名 左侧bar里找到DNS records 页面中找到add records，可以选

Import import xgboost as xgb Prepare Data dtrain = xgb.DMatrix X train, label = y train dtest = xgb.DMatrix X test, label = y test Params an example params = { 'max depth':7, from

把terminal的前缀改短 nano /.bashrc 然后找到这行 if "$color prompt" = yes ; then PS1='${debian chroot:+ debian chroot }\ \033 01;32m\ \u@\h\ \033 00m\ :\ \033 01;34m\ \w\ \033 00m\ \ ' else P

storage限制 core用户的话，storage限制是8G。 用du sh .可以查看当前的总storage。 用 du h max depth 1可以查看每个文件夹占的storage。 如果超了，很有可能是.cache文件过大。这个时候用 uv cache clean 如果还是大，可以在.gitignore里面添加大文件的folder，比如data/

Deploy railway deploy https://railway.app/dashboard railway dashboard your project pick a deployment deploy logs可以查看当前deploy进展 in command: 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 网页验证后，如果是第一次depoy，可以

python file to .exe Install pip install pyinstaller python 文件 这里举个例子： 建一个.py 文件，保存为extract model.py 这是一个用于unzip AF zip并且extract model 0.cif的一个程序。需要提前把所有的zip放到一个source文件夹里，然后再新建一个de

pd.Series series,copy=False copy=False可以如果input已经是series，那就不需要重新copy了 df.hist column, by, bins, figsize 除了series.hist，还有df.hist也很好用，by可以画多个图。 df.hist column='accuracy', by='categor

Reference: https://gist.github.com/raveenb/c0001484a79214c21785227d0688f57fgist.github.com/raveenb/c0001484a79214c21785227d0688f57f 用FastAPI在colab上举例： Setup !pip install fastapi uv

render jupyter notebook, ipynb, to html https://nbsanity.com/nbsanity.com/ 方法1： 加入书签，打开github repository 或者gist的notebook后，点击书签，即可自动生成网页。 方法2: 手动改url，如果是github repository, 把github.c

先申请academic license，之后安装ligplot+，一定安装在C盘，否则dipmlot和antibody plot可能会load不出来。 Edit program path里，添加Rasmol和pymol的位置（这两个软件需要提前安装，rasmol是免费的） 添加图片注释，不超过 140 字（可选） Save好之后，需要重新file open

jupyter copilot reference: https://github.com/baolong281/jupyter copilot uv pip install jupyter copilot 然后打开jupyter , uv run jupyter lab 然后shift + ctrl+c ， 输入copilot，然后点击sign in ，会

网页版 web2mdweb2md.answer.ai/ https://link.zhihu.com/?target=https%3A//web2md.answer.ai/ extension版 GitHub AnswerDotAI/web2md ext: Get a markdown version of any webpage with a keyboa

Reference 油管： https://www.youtube.com/watch?v=k5Rbi22TtOAwww.youtube.com/watch?v=k5Rbi22TtOA Github: https://github.com/steineggerlab/foldseekgithub.com/steineggerlab/foldseek 安装 可

Setup update cuda version check current version nvcc version if it is old, go to CUDA Toolkit 12.1 Downloads https://developer.nvidia.com/cuda downloads 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 这里我的系统

command docker ps 查看现在运行的docker docker exec it name 运行 docker stop name 停止运行 sudo chown R $USER:$USER . 有的时候docker会让一些folder失去permission，这个时候change owner chown ， R是recursive，后面跟着新的

把 http://github.com/user/repo https://link.zhihu.com/?target=http%3A//github.com/user/repo 前面的github替换成deepwiki，即可。如果这个repo之前没有被convert过，那需要输入你的邮箱，等2 10分钟即可。

Reference manual: https://zhanggroup.org/D I TASSER/download/README.txtzhanggroup.org/D I TASSER/download/README.txt http://link.zhihu.com/?target=https%3A//zhanggroup.org/D I TASS

更新 从官网下载 Cursor The AI Code Editor https://www.cursor.com/ 点击Download for Mac, 会自动下载一个下载器 更新器 ，如果电脑上已经装上cursor,先把它关掉，然后运行下载器，会更新你的cursor，运行完后再打开即可。Date显示最近的更新是1 wk ago 添加图片注释，不超过 1

Reference claudetteclaudette.answer.ai/ Setup install pip install Uq claudette fastcore setup api key 可以从下面的网址生成 import os os.environ 'ANTHROPIC API KEY' = "..." structured import

使用感想 平时jupyter ipynb用的多，感觉agent普遍不好用，claude code原版一般，然后+kimi k2看似省钱，但是也不便宜，而且速度慢，不太好用。不适合重度使用jupyter的人。 reference https://docs.anthropic.com/en/docs/claude code/overviewdocs.anthro

Spacing: margin, padding, gap m是margin，p是padding。 单用m或p是上下左右同时。 组合时，m或b可以和b: bottom，t：top，x：左右，y：上下，s：start左边，e：end右边，组合。 ms auto，可以把所用东西放到前面；me auto，把所有东西放到后面 后面的数可以加0 5,或auto。数字比