Notes From The Workbench

DianShi 点石 https://dianshi.opendatalab.org.cn/ from Sciverse https://sciverse.opendatalab.com/

General active vs. inactive Jean Cui, A novel, reversible, mutant selective macrocyclic EGFR inhibitor invulnerable to common resistance mutations Activating EGFR 突变 classical, aty

KD=kd/ka 等式右边的kd 是 dissociation rate, ka 是 association rate。 两个k都代表 rate 速率。 等式左边的 KD 越小，结合度就越高，1e 9 纳摩是最好的。 想要让 KD 小：dissociation 速度越小，就越稳定。association 速度越大，结合上去的速度就大，结合的就好。

共价抑制剂 在药物化学中，“warhead”（战斗部/弹头） 指的是药物分子中一个具有高度反应性的化学基团，它可以与蛋白质中的特定氨基酸（通常是有亲核性的，如Cysteine SH 或Serine OH ）形成共价键。 常见的covalent warhead: 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 举一个acrylamide和cystein C SH 的

Count Simulation reference https://greglandrum.github.io/rdkit blog/posts/2021 07 06 simulating counts.html 对每一个 feature（比如某个 Morgan 子结构），不只用 1 个 bit 表示“是否存在”，而是用多个 bit 表示“出现多少次”。对

DTPC在治疗前期就存在，在药物治疗后，最终会变成DRC DTPC vs DRC 添加图片注释，不超过 140 字（可选）

chemicals benzene是完整的六环带双键 Phenyl, phenyl group是带R的六环，简写ph pyridinyl ，pyridine是一个六环替换一个N Pyrimidine 是一个六环替换两个N，隔一个C Anilino, NH Ph, Aniline, NH2 Ph 单个的 anil来自阿拉伯语，是indigo靛蓝染料，anili

用于形容更细节的关于这个原子的状态，比如 C;H3+ represent a carbon atom with three explicit hydrogens and a positive charge, 还有 N;H1;+1 describes a nitrogen atom that must have exactly one hydrogen and