共价抑制剂
在药物化学中，“warhead”（战斗部/弹头） 指的是药物分子中一个具有高度反应性的化学基团，它可以与蛋白质中的特定氨基酸（通常是有亲核性的，如Cysteine(-SH) 或Serine(-OH)）形成共价键。
常见的covalent warhead:
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举一个acrylamide和cystein (C-SH)的例子
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reference: Peptide Covalent Inhibitors
lysine(带CCCCNH2)和–N=C=S的例子
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lysine (带CCCC-NH2)和thioester
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Serine(带C-OH）和boronic acid
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Nucleophilic 亲核
带电子，所以自己是带负电，喜欢寻找缺失电子（也就是带正电的）。
亲‘核’，核指的是带正电的中心，也就是缺乏电子的原子。
Nucleophile 亲核体，带很多电子，喜欢找正电。Electrophile，亲电体，缺少电子，喜欢找负电。
它带着“电子礼物”去和电子缺乏的目标结合。
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亲核的氨基酸
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PDB中原子命名规则
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希腊字母标记各个原子的距离主链
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数字部分(1,2) 在同一个位置（如OE）上有多个原子时，用数字区分
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Ligand原子命名
有的时候是数字，C1, C15
有的时候是字母CAA, OAA
但都是unique的
Model prediction
1. Protenix-server
2. AF
TODO
从pubchem下载ligand，然后save成sdf，load进maestro，把covalent bond的双键变成单键（方便让AF添加covalent bond），如果直接用现成的CCD或者structure，covalent bond不会生成，需要手动调节。然后如果有leaving atom，也需要手动调节。调好之后，save sdf。
af_kit load sdf 和protein sequence, 需要输入receptor 的residue 和atom， 还有ligand 的atom。之后设置几个seeds，就可以跑了。