Induced fit docking
IFD, 什么时候用呢？当你知道一个 known ligand，但是这个 ligand 又 fit 不进你的蛋白里时。然后你可以从 IFD 中获得一些蛋白的新的 conformation。
figplot
1. Use presets : binding mode comparison
2. Quick select --> All , then Style--> hide hydrogen
3. Quick select --> Protein, Style --> 双击大眼睛，把所有的 atom 都消失，然后 Ribbons --> single color --> 灰蓝色
3. Quick select --> Ligand, then style --> 倒数第二个，变粗，然后 color items -->第三个灰色
4. Multi-sequence viewer --> select atoms --> 右键 highlight outline 红色
5. 选中那些红色的，然后 sytle,点眼睛，然后第三个眼睛，only show polar
6. 右下角加号，选择白色背景
7. 调整角度，先 command 双指向上，然后 shift 双指向上
8. 右键，save image, 选择 smooth, transparent background, ddpi 300
Ligand docking
导入ligand
两个方式，如果只有一个smiles，可以直接copy，然后edit - paste special - as 3D。
另一个方法就是generate一个.smi文件，格式如下。然后File - import structures -选择.smi文件
CC1=)N(C=N6)C drug1
COC1 drug2
Ligprep
如果是SMILES过来的, Computation下面就选第一个，如果是从PDB来的ligand，就选第二个(保留3D结构的chiralities)
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receptor grid generation
记得把pdb prepare的split出来，然后选中protein，water(optional,取决于你这个分子是不是比pdb ligand大或者小），和ligand，然后再pick ligand atom，run即可。constraints里可以pick那些必须要形成Hbond的atom，需要手动加入然后再run。
ligand docking
browse receptor grid 出来的文件(文件夹-->.zip），如果有constraints会蹦出来个提示，然后需要到constraints里面把它们勾上。然后workspace里选中ligprep好的ligand（注意如果是ML出来的ligand，即便之前prepare过，还是要重新ligprep；神奇的是pdb prepare出来的ligand可以直接跑，so），run即可。Ouput里还有Write per-residue interaction scores的选项，如果选中，输出会告诉你每个residue的分数，可以在project table export出来。
results compare
出来会有几个结果，可以点击左侧nav栏里的pos view，然后右侧window点击setup pose，就会fix protein，然后键盘上左右arrow，可以比较每个pose。另外去project table找docking score，越低越好，选取最低的那个。
9QXN比较了一下，白色是reference，绿色是ML，粉色是docking的，docking的好处在于它会capture所有的H bond，但是structure没有ML准(比如最上面粉色的部分，它往右侧伸了过去，但是实际上应该实在左边。
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实际建议ML和docking都跑，ML用来看ligand binding最可能的样子，docking可以看到最大化Hbond的样子。如果两者相差太大，还是采用ML。
Residue scanning
load structure-->change aa number：选中全部，builds, others，change properties, 然后把起始aa的数输入进去。之后Prepare protein --> split into ligand, protein --> select protein --> residue scanning
选中prepare的蛋白（没有ligand），在弹出的对话框中，import, 然后找到想要的residue，mutate选中几个，一般是单个的，如果想要同时mutate几个，就选中allow simultaneous mutations，然后在preview里删掉不需要的。
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运行，然后就可以得到mutated entries。
之后再workspace里选中其中一个蛋白，然后点击ligand(follow MMGBSA session），运行即可。
MMGBSA里，minimize的选项是指包括backbone（不推荐，因为会更改蛋白的backbone结构），可以尝试minimize side chain only, 然后有5A以内的，或者自己指定（一般就是那个mutate的residue），然后运行即可。
ligand为protein的时候
如果是peptide和protein的complex，那么如果要做ligand interaction diagram，需要把peptide转换为ligand，那这个时候可以让ligand里的设定包含amino acid。
edit --> preferences --> 左边sidebar里输入ligand detection搜索。然后把amino acids的勾打上。
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re-number protein index
点击最右侧的build
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点击other edits -->change atom properties
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双击选中所有的蛋白序列，按照下图中选，apply，close
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现在residue就重新排序了
找到covalent bond 里receptor和ligand的atom
Ligand
split之后，把ligand 和 reference pdb 重合着看，找到covalent 那个点，然后鼠标放上去，C28就是你要找的
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Receptor
把receptor重新排序，中间那个SG是原子，residue是101
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superposition对齐/align
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手动找到atom pair
在序列不一样的情况下，想要对齐两个蛋白，就选中atom pairs, 然后点击pick, 然后在图中通过ctrl键可以选中两个pair，选好了之后，对齐即可
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自动对齐
需要序列都一致，稍微不一样都对不齐， workspace是左边的点点亮，project table是选中。
C-alpha Atoms就很work, protein backbone 也可以。除此之外都不咋地。
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有的时候用Ligand非常管用。
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tile view
选中几个蛋白，右下角加号 --> 点击tile，即可实现分屏
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surface display 不可以是covalent bond
删除covalent bond，不可以用decrease bond order（虽然一键很方便，但是后续不识别为一个独立的ligand），用那个叉叉，delete selected atoms
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然后再点击+H，把氢键加回去，这样后面再surface display就可以成功了。
Surface display and nondisplay
create surface
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或者在presets里有ligand sites
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如果不想display，在边上有一个S，点击，然后hide all, 选中想要display的那个
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也可以选中右下角的网状的标志来display或者cancel
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Mutate residue
选中residue，builds --> mutate residue， 之后prepare protein即可。
Prepare Protein
Change directory，新建一个文件夹，选中。Save project as, 保存project。
Load protein, 选中Diffraction data，方便后面跑PrimeX。
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选中这两个蛋白，打开Protein Structure Alignment，不用改任何，点击align。两个蛋白就overlap上了。
调整一下style，给蛋白加个Ribbons，把ligand变粗。
Protein reliability report
打开Protein Reliability，选中Use diffraction data, 找到 PDB_ID.cv 文件，Run即可。
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查看steric clashes，保存report和image。
删掉没用的substructures
选中raw 蛋白，打开Protein Preperation。
Review structure, 把除了金属和ligand以外的其它乱七八糟删掉。
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PrimeX - 处理alternates
之后要处理alternates
打开PrimeX。按照图中选中。
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之后点击PrimeX里的Create Map，按图中选中
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跑完后会自动load进来。可以点击S，Manage，设置Display Options, Isovalue, 和选中Display at most 16A
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打开protein preperation, diagnostics, alternates, 根据density图选择是否要Default还是alternate，之后commit，直到把全部的alternate都处理完。
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Protein Preparation Workflow
按照图中设置。
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就可以跑了，记得设置settings，processor改成电脑有的数量，我的是8个。
Pocket Evaluation
1. SiteMap - 基于蛋白结构进行分析
选中prepared protein, 右键split --> into Ligands, water, Other, 给下拉栏中的protein加个后缀 apo。
之后按图上选：
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跑完之后可以在页面看到出现的pocket。之后添加property，如下图，选择：SiteScore,Dscore, volumn和balance，即可查看每个pocket的分数
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2. SiteMap - 基于当前的ligand进行分析
inplace 复制 prepared protein, 加个后缀holo_dry，然后选中solvents, 删掉。
之后打开SiteMap，选择第二个，选中pick，之后点击图片中ligand的任意原子，run
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跑完之后，可以看到pocket。
基于蛋白和基于ligand的pocket应该互相重合。查看的话，把两个任务的output都选中，然后点击右下角的加号-->tile，就可以同时查看了， 如下。
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3. WaterMap
选中prepared 蛋白，打开WaterMap --> Perform Calculations
按照下图勾选：选中Pick，然后点击ligand任意原子，把water调整为7，uncheck truncate protein
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跑的时候用GPU，需要1个小时多。
跑完后，一般会自动load进来，如果没有，打开WaterMap --> Examine Results --> Import Files -->选中watermap_... zip 文件，即可导入。
如果已经导入，直接把出来的结果都选中，然后WaterMap --> Examine Results --> Analyze Workspace
会出先一个table，页面会出现很多个水的分子，site label选择Free energy, 之后在free energy选择4。即我们只要pocket 里面高energy的水分子
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这些水分子占据着口袋，有些却并没有被ligand覆盖，意味着ligand还有继续优化的空间。
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导出漂亮的图片
可以添加preset style，但有些style没法设置。
如果手动设置，右键背景板-->白色。
点击[P]选中蛋白，打开style，把眼睛关上，之后选中ribbon，然后颜色可以选择一个单一的比如灰色，然后选中transparency，这样就可以把背景调得很淡。
点击[L]选中ligand，打开style，把眼睛的size调到中大，然后选一个鲜艳的颜色。
导出时，右键背景板，save image，调高分辨率300dpi，然后保存即可。